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新疆维吾尔自治区福建企业联合会（商会）在新疆、福建两地党政领导的关怀和指导下，于2002年10月8日正式成立。现有会员企业210多家。新疆福建企业联合会（商会）是经新疆维吾尔自治区民政厅登记批准的具有法人资格的非营利性社会团体，在新疆维吾尔自治区招商发展局（经济技术协作办公室）指导下开展工作，地址在乌鲁木齐市经二路229号新丰大厦B座2103室。
新疆维吾尔自治区福建企业联合会（商会）成立以来，逐步健全了工作机构，设立了会员合作部、联络维权部、宣教福利部、财务部、监事会及办公室等“五部一室”的工作机构。各部负责人都由常务副会长兼职，尚未配备工作人员。目前聘用专职人员2名，其中办公室主任1名，办公室秘书1名。
自改革开放以来，特别是党中央做出西大开发的决议以后，福建省一些有实力的企业家纷纷来到新疆开发谋求发展，据初步统计，福建在新疆各地州投资开发经商办厂的有10万多人，企业2000多家，从事的项目有金融投资、石油、通讯、建材、机械机电、汽车运输、粮油、鞋帽服装、医院医药、灯饰汽配等上百种，直接和间接投资达50多亿元。新疆福建企业联合会（商会）的成立是新疆十万余福建人连接故乡人民的一座心桥，也是市场经济大潮中新疆连接福建的一座金桥，联合会（商会）的目的是为西部大开发服务，为促进两省区紧密合作共同繁荣服务。
联合会成立八年多来，按照联合会（商会）章程的各项规定，沟通与社会各界的联系，提升了商会在社会上的知名度。积极引导会员参与社会公益事业，多年来，在抢险救灾、扶贫帮困、捐资助学等活动中踊跃捐款捐物，特别是近年来先后向新疆德汇火灾、四川汶川地震、希望小学、“7•5”事件无辜受难群众、PKU儿童救治等活动捐款500多万元，增强了社会的影响力。为今后的工作开展奠定了良好的基础。