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北京福建企业总商会前身是北京市福建在京企业协会，由福建省政府驻京办牵头与在京闽籍企业共同发起，经北京市经委核准，北京市民政局审批注册,于2001年9月22日成立。福建省工商联(总商会)北京分会是经福建省委统战部、省工商联(总商会)批准,于2003年12月8日在“协会”的基础上加挂成立，实行“一套机构、两块牌子”合署办公，2005年8月更名为“北京福建企业商会”，2009年6月正式升格更名为“北京福建企业总商会”，会址在北京市福建大厦11层，执行机构秘书处下设综合事务部、会员拓展一部、会员拓展二部、会员拓展三部、项目联络部、宣传信息部、党群工作部、法律维权部、公司运营部、京华基金会秘书处，共33名商会专职工作者。截至2014年1月，共有会员企业15600多家(设立10个地市区分会、10个行业分会和27个团体会员单位)，涉及20多个行业，下设人力资源管理委员会和金融投资专业委员会，设立高尔夫球俱乐部，女企业家俱乐部和篮球俱乐部。现任会长陈春玖先生系中国企业联合会、中国企业家协会副会长、福建省工商联副主席、福建省第十届、第十一届人大代表、北京市朝阳区第十四届人大代表、第十五届人大常委，中共北京福建企业总商会委员会书记、北京通厦投资开发集团董事长。
北京福建企业总商会是北京市第一家也是唯一一家总商会;成为第一家牵头成立公募基金会(北京京华公益事业基金会)的商会;第一家成立驻京异地商会党委的商会;被北京市民政局授予“5A级商会”，综合评定成绩第一名;被授予北京市社会组织示范基地。
2008年10月，商会成立北京福建企业总商会党支部，并于2012年5月4日升格为党委，目前已建立党组织40个，（其中党委1个，党总支5个，党支部34个），共有党员652名。商会党委自成立以来，积极探索社团组升格成立中共北京福建企业总商会委员会，是驻京异地商会第一家党委，目前织党建工作，努力构建“以党建带会建，以会建促党建，以共建求发展”的工作新机制，开创了“以商会党委为中心，以党员会员为骨干，以商会活动为载体，全体会员积极参与”的工作新局面。商会积极探索新形势下商会运营新机制和以商养会新路子，先后牵头成立了商务合作中心、闽商海西信息咨询(北京)有限公司。商会努力拓展外部发展空间,加入了中国企业联合会、中国企业家协会全国组织，与国内外100多个商会协会保持密切联系和业务交流，专门聘请160多名各级军司厅级以上领导，组成专家顾问团，和国内外40多家政府、企事业、社团组织单位签订战略合作意向，为商会发展出谋献策，为会员企业排忧解难。商会努力倡导会员企业履行社会责任，热心公益事业，积极引导会员实践福建人“乐善好施”精神。2006年7月成立商会慈善基金管理委员会，2010年11月成立北京京华公益事业基金会，成为北京市第一家由商会组织发起成立的公募基金会，近年来共筹募集资金近亿元，带动全体会员企业捐资捐物达20多亿元，积极投身社会公益、慈善、光彩事业。