吸引多元化主体参与孵化联盟。成熟的孵化联盟应包括政府部门、科技企业孵化器、创业企业、创投机构、科研机构、中介服务机构等与科技创业相关的各类主体。为此，政府应制定相应政策鼓励科技服务主体加入联盟。孵化联盟中资源多样化程度高，成员之间能够通过共享机制补充自身不具备的资源。这有助于资源的有效互补和合理配置，节约交易成本，获得更大竞争优势，从而更好地发挥孵化联盟的功能，提高科技企业创业成功率。
建立深层次联盟伙伴合作关系。孵化器应承担起加强联盟伙伴关系建设的任务，通过定期开展企业联谊会、经验交流会等方式，促进联盟成员之间的沟通交流。孵化器应帮助创投机构获得企业更全面、更真实的信息，促进解决信息不对称问题。这样，一方面可以降低创投机构的投资风险，另一方面可以使企业得到更多融资机会。诸如此类，只有建立深层次联盟伙伴合作关系，进而形成一致的价值观和利益导向，减少矛盾，形成有效的关系联接，才能提高合作项目成功的可能性。
维护公平的创业孵化合作环境。创业孵化合作过程的公开、公平、公正，不仅有利于减少合作过程中的冲突，而且能够吸引更多企业加入，促进孵化联盟发展。为此，应探索建立专业化孵化联盟管理机构，关注联盟合作、交流、交易的公平性，基于一套公正合理的规则和程序确保孵化联盟运作的有效性。孵化联盟管理机构应积极探索化解个体理性与集体理性冲突的方式，通过加强沟通、平等交流、换位思考，对合作伙伴的不同意见和诉求进行科学辨识、吸收并作出相应策略调整，努力使合作伙伴形成良好的信任关系，减少冲突。加盟企业应加强自律，自觉维护孵化联盟的共同利益，不投机取巧。
鼓励市场化的运营管理制度创新。孵化联盟应通过市场化的运营管理制度创新，实现孵化器、科技企业、政府、创投机构、服务机构等多方共赢，提高政府资金使用效率，提高孵化联盟参与方的经营绩效，解决中小企业融资难、融资贵等问题。除了现有的以政府财政投入为主要手段的模式， 孵化联盟还可以依靠自己的创新优势进行风险投资、股权质押等多种市场运营，在确保公共资源安全的前提下盘活自身资源，不断发展壮大。
加强专业化的孵化人才队伍建设。制定与孵化联盟建设相适应的人才队伍建设长远规划，建立合理的孵化联盟人才评价与激励机制，吸引各类人才从事科技孵化联盟的服务和运营工作，形成一支专业化人才队伍，包括企业联络员、创业辅导员和创业导师等。
